Kanalizācijas sistēmas uzdevums ir iespējami ātri novadīt notekūdeņus no ražošanas tīrās zonas.

Iespējas, ka nevēlamie mikroorganismi no kanalizācijas sistēmas nonāk ražošanas telpā visbiežāk rodas divu apstākļu dēļ:

- notekūdeņu savākšanas trapi ir grūti tīrāmi un tajos uzkrājas atkritumi,
- gaiss no kanalizācijas sistēmas vadiem nonāk telpā bojātu sifonu vai arī nepareizas ventilācijas gaisa bilances dēļ.

Pārtikas uzņēmumu ražotnēs ir novēroti šādi defekti:
- neizmantotās izlietnēs sifonos ir izžuvis ūdens un gaiss no kanalizācijas vadien nonāk telpā,
- neizmantotās kanalizācijas pieslēguma vietas ir vaļējas vai nepilnīgi noslēgtas,
- kanalizācijas trapu sifoni darba gaitā ir bojāti un tajos nav nodrošināta ūdens barjera, kas neļautu gaisam no kanalizācijas vadien nonākt telpā.

Labs avots, kur iepazīties ar prasībām pārtikas uzņēmuma ražotnei ir IFS Food standarts. Versijā 5 tā ir nodaļa 4.6 Factory environment standards (prasības ražotnes darba videi).